毛利小五郎
名侦探柯南中的主角之一，原本是一名颇有名气的侦探，因一次意外被黑衣组织成员注射了APTX 4869而缩小成小孩的模样，为了保护妻子毛利兰和女儿小兰，化名为工藤新一，加入了黑衣组织。
工藤新一
本名毛利新一，是高中生侦探，因为目睹黑衣组织的犯罪活动而被注射了APTX 4869。他化名柯南，继续追踪黑衣组织的活动，同时协助毛利小五郎解决各种案件。
毛利兰
毛利小五郎的妻子，是一位美丽、温柔的女性。她在得知丈夫变小后，一直默默支持着他，并协助他解决案件。
阿笠博士
一位天才科学家，发明了多种高科技产品，如麻醉眼镜、追踪器等。他对柯南和小五郎非常照顾，帮助他们解决各种困难。
服部平次
四中侦探俱乐部成员，人称“高校侦探”。他性格开朗，喜欢开玩笑，但也很认真负责。他的侦探技巧与柯南不相上下。
基尔（黑衣组织）
黑衣组织的核心成员之一，真名琴酒。他是一位神秘且强大的杀手，一直追杀柯南，试图找到他背后的组织。
贝尔摩德
黑衣组织的成员，真名贝尔摩德。她是一位优雅、迷人的女性，擅长易容和格斗技巧。她对柯南有着特殊情感。
服部平次（黑衣组织）
服部平次的孪生兄弟，也是黑衣组织的成员。他的性格与平次截然不同，冷酷无情，一心想要找到平次。
毛利兰（黑衣组织）
毛利兰的双胞胎妹妹，也是黑衣组织的成员。她与姐姐长得一模一样，但性格截然不同，冷酷且充满野心。
毛利小五郎（黑衣组织）
毛利小五郎的双胞胎兄弟，也是黑衣组织的成员。他与小五郎长相几乎一模一样，但性格完全相反，狡猾且阴险。
佐藤美和子
警视厅搜查一课的刑警，人称“佐藤警官”。她性格开朗，勇敢，对柯南和小五郎十分信任。
吉田步美
二年级小学生，四中侦探俱乐部成员之一。她性格活泼，喜欢模仿柯南，经常帮助解决案件。
高木涉
警视厅搜查一课的刑警，人称“高木刑警”。他性格稳重，对佐藤警官十分关心。
小岛元太
二年级小学生，四中侦探俱乐部成员之一。他性格好奇，经常发现线索，帮助解决案件。
灰原哀
原本是黑衣组织的成员，真名宫野志保。她在一次任务中意外死亡，被阿笠博士救回，并注射了APTX 4869。她化名灰原哀，加入了柯南一行人。
黑衣组织的其他成员
黑衣组织还有许多其他成员，如水无怜奈、基尔（琴酒）、贝尔摩德等，他们各自有着不同的背景和目的，共同追杀柯南，试图找到他背后的组织。
这些角色共同构成了《名侦探柯南》的丰富故事线，每一个角色都有着独特的背景故事和神秘身份，让这部作品充满了悬疑和刺激。